Es uno de los periodistas económicos y analistas de la globalización más influyentes del periodismo español de la democracia. Licenciado en Ciencias Económicas y en Ciencias de la Información por la Universidad Complutense de Madrid, inició su carrera en 1974 en el diario Informaciones, en la sección de Economía, y muy pronto se vinculó a la revista Cuadernos para el Diálogo, uno de los espacios intelectuales más activos del tardofranquismo.
Posteriormente fue redactor jefe del diario económico Cinco Días, lo que consolidó su perfil como especialista en economía política, deuda, globalización y políticas públicas. En 1981 se incorporó a El País, periódico en el que ha desarrollado casi toda su trayectoria y del que llegó a ser director entre 1988 y 1993, en años clave de la consolidación del sistema democrático y de la integración europea.
Tras esa etapa, fue director de Publicaciones del Grupo PRISA (1993–1996) y, más tarde, director de Opinión del diario (1996–2002), además de miembro del consejo editorial de PRISA y de El País durante dos décadas.
En paralelo a sus responsabilidades directivas, Estefanía ha mantenido una intensa actividad como columnista, centrada en el impacto social de la globalización financiera, las transformaciones del capitalismo y las tensiones entre democracia y mercados. Es autor de una amplia obra ensayística que incluye títulos como Contra el pensamiento único (1998), Aquí no puede ocurrir: el nuevo espíritu del capitalismo (2000), La economía del miedo (2011), Estos años bárbaros (2015), Abuelo, ¿cómo habéis consentido esto? (2017) o Revoluciones. Cincuenta años de rebeldía (1968–2018) (2018).
En estos trabajos combina análisis económico, memoria generacional y reflexión sobre desigualdad, precariedad y crisis de representación.
Su labor se ha proyectado también en el ámbito académico y formativo: ha dirigido durante años la Escuela de Periodismo UAM/El País y la Cátedra de Estudios Iberoamericanos Jesús de Polanco, contribuyendo a la formación de nuevas generaciones de periodistas y analistas
Además, ha coordinado el Informe sobre la Democracia en España de la Fundación Alternativas, donde actúa como patrono, lo que refuerza su papel como intelectual público preocupado por la calidad democrática y el Estado del bienestar.
Reconocido con premios como el Europa de Periodismo o el Joaquín Costa por sus trabajos sobre deuda externa y libertades democráticas, Joaquín Estefanía encarna la figura del periodista-intelectual que, desde las páginas de un gran diario, interviene de forma continuada en el debate público sobre capitalismo, globalización y democracia, con una mirada crítica pero pedagógica, atenta a las generaciones jóvenes y a los costes sociales de las crisis económicas.